സിക്കന്ദറിന്റെ മരണ ശേഷം പുത്രൻ മീർഖാൻ സുൽതാൻ അലി ഷാ (1413-20) എന്ന പേരിൽ ഭരണത്തിലേറി. അദ്ദേഹം മൈനറായിരുന്നതിനാൽ പ്രധാന മന്ത്രി സുഹാഭട്ടാണ് കാര്യങ്ങൾ നിയന്ത്രിച്ചത്. അദ്ദേഹം മരിച്ചപ്പോൾ സഹോദരൻ ഷാഹി ഖാനെ പ്രധാന മന്ത്രിയാക്കി. പിന്നീട് ഷാഹി ഖാനെ ഭരണമേൽപിച്ച് മക്കത്തേക്ക് പോകാൻ തുനിഞ്ഞെങ്കിലും ഭാര്യാ പിതാവ് ഭീമദേവന്റെ ഉപദേശം മാനിച്ച് മീർഖാൻ തീരുമാനം മാറ്റി. തിരിച്ചുവന്ന് ഷാഹി ഖാനെ പുറത്താക്കി ഭരണമേറ്റെടുത്തു. ഷാഹി ഖാനാവട്ടെ സിയാൽ കോട്ടിലെ ജസ്‌റത് ഖോകറിന്റെ സഹായത്തോടെ അലിഷായെ തോൽപിച്ച്, വധിച്ച് സൈനുൽ ആബിദീൻ എന്ന പേരിൽ സുൽതാനായി (1420-1470). മഹാനായ രാജാവ് (ബുദ് ഷാ) എന്നാണ് കശ്മീരികൾ അദ്ദേഹത്തെ വിളിക്കുന്നത്. അമ്പത് വർഷം നീണ്ട ഭരണത്തിനുള്ളിൽ അദ്ദേഹം കശ്മീരിന് നല്ലൊരു പേരും പെരുമയുമുണ്ടാക്കി. ജനങ്ങളുടെ ക്ഷേമ(റഇയ്യത്ത് പഡ്‌വാരി)മാണ് അദ്ദേഹം ലക്ഷ്യമാക്കിയത്. അതിന്റെ ആദ്യ പടിയെന്നോണം രാജ്യം സുരക്ഷിതമാക്കണം. കൊള്ളക്കാരോടും രാജ്യദ്രോഹികളോടും ഒരു ദാക്ഷിണ്യവും കാണിച്ചില്ല. മംഗോളിയരെ നിശ്ശേഷം തോൽപിച്ചു. തിബറ്റൻ അതിർത്തിയിൽ നിന്നുള്ള ഭീഷണി ഇല്ലാതാക്കി. എങ്കിലും ആഡംബര പ്രിയനായിരുന്നു സുൽതാൻ. സംഗീതത്തിലും കലയിലുമൊക്കെ താൽപര്യം കാണിച്ചു. കശ്മീരി, പേർഷ്യൻ, സംസ്‌കൃതം, അറബി ഭാഷകളിൽ പ്രവീണനായിരുന്നു. നല്ല വായനാ പ്രിയനും. പുരാണങ്ങൾ, വസിഷ്ഠ, ഗീത എന്നിവയൊക്കെ അദ്ദേഹം പഠിച്ചു. ഖുതുബ് എന്ന തൂലികാ നാമത്തിൽ കഥകളും കവിതകളും എഴുതുകയുമുണ്ടായി. സൂഫിസത്തിലും ആകൃഷ്ടനായിരുന്നു. ഒപ്പം യോഗികളുമായും ബന്ധം സ്ഥാപിച്ചു. അവസാന കാലത്ത് മക്കളുടെ കലഹം മൂലം സൈ്വരം നഷ്ടപ്പെട്ടപ്പോൾ അദ്ദേഹം ഷികായത് (പരാതികൾ) എന്ന പേരിൽ കവിതയെഴുതി സമാധാനിച്ചു. ഹിന്ദുക്കളുടേയും മുസ്‌ലിംകളുടേയും വേദഗ്രന്ഥങ്ങൾ വായിക്കുമായിരുന്ന അദ്ദേഹം പണ്ഡിതൻമാരെയും സൂഫികളെയും യോഗികളെയും കൊട്ടാരത്തിൽ താമസിപ്പിച്ചു. നാട്ടിലെ ഉത്‌സവങ്ങൾക്കും ആചാരങ്ങൾക്കും സംരക്ഷണം നൽകി. ക്ഷേത്രങ്ങൾ പുനർനിർമിച്ചു. കശ്മീരിൽ നിന്ന് നാടുവിട്ട ബ്രാഹ്മണ പണ്ഡിറ്റുകളെ സുൽതാൻ തിരിച്ചുവിളിച്ചു പുനരധിവസിപ്പിച്ചു. അവരുടെ ഗ്രന്ഥങ്ങളും തിരിച്ചുകൊണ്ടുവന്നു. നർത്തകികൾക്കും സംഗീതജ്ഞർക്കും പാട്ടുകാർക്കും വിലപിടിച്ച സമ്മാനങ്ങൾ നൽകി. എല്ലാ വിഭാഗക്കാരും സുൽതാനെ ഇഷ്ടപ്പെട്ടു. എല്ലാവർക്കും അദ്ദേഹം മഹാരാജാവായിരുന്നു. പേർഷ്യനും ഗണിതവും പഠിച്ച ബ്രാഹ്മണരെ സർക്കാർ ജോലിയിൽ പ്രവേശിപ്പിച്ചിരുന്നു. ശവ സംസ്‌കാരത്തിനുള്ള പ്രത്യേക നികുതിയും ബ്രാഹ്മണരുടെ മേൽ ചുമത്തിയിരുന്ന ജിസ്‌യയും നിർത്തലാക്കി. ഗോവധം നിരോധിച്ചു. സതി സമ്പ്രദായം വീണ്ടും കൊണ്ടുവന്നു. ഉദ്യോഗസ്ഥരിൽ പ്രമുഖരായിരുന്നു ബുദ്ധ മതക്കാരനായ തിലകാചാര്യനും ബ്രാഹ്മണരായ ശീയ ഭട്ട, ജൊന രാജ, ശ്രീ വര, സിംഹ ഭട്ട, രൂപ ഭട്ട, യുദ്ധ ഭട്ട, ഉത്ത സോമ, ഭട്ടാവതാര എന്നിവർ. ഇതിൽ പലരും ജ്യോതിഷ പണ്ഡിതരും സാഹിത്യകാരൻമാരുമായിരുന്നു. വെടിമരുന്നിനെ കുറിച്ചും തോക്കു നിർമാണത്തെക്കുറിച്ചും അവഗാഹം നേടിയ ഹബീബിന് കൊട്ടാരത്തിൽ പ്രത്യേക സ്ഥാനം ലഭിച്ചു. വെടിമരുന്നിനെ കുറിച്ച് സുൽതാൻ ഒരു പുസ്തകം തന്നെ രചിച്ചു. കടലാസു നിർമാണം, പുസ്തക നിർമാണം എന്നിവയിൽ പരിശീലനം നേടുന്നതിന് വേണ്ടി ഒരു സംഘത്തെ സമർഖന്ദിലേക്കയച്ചു. ഷാൾ നിർമാണത്തിൽ അദ്ദേഹം കശ്മീരിനെ ഉത്തുംഗതയിലെത്തിച്ചു. സ്വർണപ്പണി, കൊല്ലപ്പണി, ആയുധ നിർമാണം, യുദ്ധ സാമഗ്രികളുടെ നിർമാണം, പോളീഷിങ്ങ്, കുപ്പി നിർമാണം എന്നിവയിൽ കശ്മീരികൾ പ്രവീണ്യം നേടി. കശ്മീരി ആയുധങ്ങൾ അന്യരാജ്യത്തേക്ക് കയറ്റി അയക്കാനും തുടങ്ങി. ഇത്തരം പ്രവർത്തനങ്ങളിലൂടെ രാജ്യത്തെ സുഭിക്ഷമാക്കി ജനക്ഷേമം ഉറപ്പുവരുത്തി. കുത്തഴിഞ്ഞ നീതി ന്യായ വ്യവസ്ഥ സുൽതാൻ പുനഃക്രമീകരിച്ചു. ഒരു ഉന്നത കോർട്ട് സ്ഥാപിച്ചു. പാണ്ഡിത്യമുള്ള ഖാസിമാരെയും പണ്ഡിറ്റുമാരെയും നിയമിച്ചു. കോടതി നടപടികൾ ചെമ്പുതകിടുകളിൽ എഴുതി സൂക്ഷിച്ചു. ജയിൽ തടവുകാർക്ക് തൊഴിൽ നൽകി. ഇതുവഴി നിർമാണ പ്രവർത്തനങ്ങൾക്ക് കുറഞ്ഞ ചെലവിൽ തൊഴിലാളികളെ കിട്ടി. വധശിക്ഷ നിർത്തലാക്കി. അവരും നിർബന്ധ പൂർവം ജോലി ചെയ്യേണ്ടിവന്നു. കൊള്ളയും കൊലപാതകവും ഇല്ലാതാക്കി. റോഡ് സംരക്ഷണം അതാത് ദേശക്കാരെ ഏൽപിച്ചു. ഭൂമി അളന്ന് പരഗാനകളായും ഗ്രാമങ്ങളായും തിരിച്ചു. ഗ്രാമങ്ങൾ ചെറിയ പാട്ടത്തിന് പകരമായി കർഷകർക്ക് നൽകി. മൂന്നിലൊന്നായിരുന്നു നികുതി. ക്ഷാമ കാലത്ത് ധാന്യവും കാലിത്തീറ്റയും സൗജന്യമായി നൽകിപ്പോന്നു. കൃഷി അഭിവൃദ്ധിപ്പെടുത്താൻ നദികളിൽ നിന്ന് തോടുകളുടെ ഒരു ശൃംഖല തന്നെ ഉണ്ടാക്കി. മഴയെ മാത്രം ആശ്രയിച്ചു കഴിഞ്ഞിരുന്ന കൃഷിഭൂമി അതോടെ സമൃദ്ധമായി. കൽകാപൂർ, സക്തൽ, കരാള, അവന്തിപൂർ, ഷാ ഖുൽ, ലിമാൻ ഖുൽ, ലാൽ ഖുൽ എന്നിവയായിരുന്നു പ്രധാന കനാലുകൾ. വില നിയന്ത്രിക്കുന്നതിന് വേണ്ടി സർക്കാർ തന്നെ അവശ്യ സാധനങ്ങൾക്ക് വില നിശ്ചയിച്ചുകൊടുത്തു. നിയമം ലംഘിക്കുന്നവർക്ക് കർശന ശിക്ഷയും നടപ്പാക്കി. തെരുവുകളിലും വഴിയോരങ്ങളിലും ചെമ്പുതകിടിൽ വില വിവരം എഴുതി പ്രദർശിപ്പിച്ചിരുന്നു. ഉപ്പ് ക്ഷാമം ഇല്ലാതാക്കാൻ പഞ്ചാബിൽ നിന്ന് നിരന്തരമായി ഉപ്പ് ഇറക്കുമതി ചെയ്യുന്നതിന് സൗകര്യമേർപ്പെടുത്തി. വിനിമയം സുലഭമാവാൻ പുതിയ നാണയങ്ങളിറക്കി. രാജ്യത്തിന്റെ ആവശ്യം കഴിച്ച് മിച്ചമുള്ള ധാന്യം മറ്റിടങ്ങളിലേക്ക് കയറ്റുമതി ചെയ്തു. നൗ ഷഹർ, സൈൻഗീർ, സൈൻ പൂർ, സൈൻ കോട്ട് എന്നീ പട്ടണങ്ങൾ പണി കഴിപ്പിച്ചു. സൂഫീ ഗുരു സയ്യിദ് മുഹമ്മദ് ഹമദാനിക്ക് വേണ്ടി പർണശാല പണിതു. ലാൽ തടാകത്തിൽ രൂപ ലൻക, സോന ലൻക എന്നീ ദ്വീപുകൾ നിർമിച്ചത് ഇന്നും നിലനിൽക്കുന്നു. വൂലൂർ തടാകത്തിൽ സൈന ലൻക എന്ന കൃത്രിമ ദ്വീപ് നിർമിച്ച് അതിൽ കൊട്ടാരവും പള്ളിയും പണിതു. സൈനാ കാതൽ എന്ന ആദ്യത്തെ പാലം ശ്രീ നഗറിൽ പണി കഴിപ്പിച്ചു. കല്ലു കൊണ്ടും മരം കൊണ്ടുമാണ് ഇത് പണിതത്. സൈനാ ദാബ് എന്ന പേരിൽ പന്ത്രണ്ട് നിലകളുള്ള ഗോപുര കൊട്ടാരം വിസ്മയകരമാണ്. അതിൽ അമ്പത് മുറികളുണ്ടായിരുന്നു.
സാക്ഷരത വർധിപ്പിക്കുക ലക്ഷ്യംവച്ച് കശ്മീരി ഭാഷയിൽ വിദ്യാഭ്യാസം സാർവത്രികമാക്കാൻ സുൽതാൻ ശ്രമിച്ചു. ഹിന്ദുക്കളും മുസ്‌ലിംകളും പരസ്പരം അടുത്തറിയുന്നതിന് രണ്ട് മതങ്ങളെയും പ്രോത്‌സാഹിപ്പിച്ചു. ഹിന്ദു വേദങ്ങൾ പേർഷ്യൻ ഭാഷയിലേക്കും ഖുർആൻ സംസ്‌കൃതം, കശ്മീരി എന്നീ ഭാഷകളിലേക്കും തർജമ ചെയ്തു. മഹാ ഭാരതം, ദേശ വത്ര, രാജ തരംഗിണി എന്നിവ പേർഷ്യനിലേക്ക് വിവർത്തനം ചെയ്യാൻ മുല്ലാ അഹ്മദിനെ ഏൽപിച്ചു. ഉത്ത സോമ പണ്ഡറ്റ് കശ്മീരി ഭാഷയിൽ കശ്മീരിന്റെ ചരിത്രം രചിച്ചു. യുധാ ഭട്ട, സൈനാ പ്രകാശ് എന്ന പേരിൽ സുൽതാന്റെ ജീവചരിത്രമെഴുതി.
യുദ്ധങ്ങളിൽ അത്ര താൽപര്യം പ്രകടിപ്പിച്ചില്ലെങ്കിലും സൈനുൽ ആബിദീൻ അതിർത്തികൾ സംരക്ഷിക്കുകയും അയലത്തെ രാജാക്കൻമാരെ കൊണ്ട് തന്റെ അധീശത്വം അംഗീകരിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. പലരും വിവാഹ ബന്ധങ്ങളും മറ്റും വഴി സുൽതാനോട് സഹകരിച്ചു. വിദേശ രാജ്യങ്ങളുമായി നല്ല ബന്ധം സ്ഥാപിച്ച് വ്യാപാരം അഭിവൃദ്ധിപ്പെടുത്തുകയായിരുന്നു ഇതിന്റെ ലക്ഷ്യം. ഡൽഹി തൊട്ട് മക്കയിലെ ഭരണാധികാരി വരെ സുൽതാനുമായി സൗഹൃദം പങ്കിട്ടു. അത് പോലെ വിജ്ഞാന വികസനത്തിനായി തന്റെ ലൈബ്രറി പുഷ്ഠിപ്പെടുത്തി. വിവിധ രാജ്യങ്ങളിലേക്ക് പുസ്തകങ്ങൾ കോപ്പി ചെയ്യാൻ വേണ്ടി എഴുത്തുകാരെ അയച്ചു. പേർഷ്യയിലെ ഷാ റൂഖ് ലൈബ്രറിയിലേക്ക് പുസ്തകങ്ങൾ സംഭാവന ചെയ്തു. ഖുർആൻ വ്യാഖ്യാനം കോപ്പി ചെയ്യുന്നതിനായി മക്കയിലേക്ക് എഴുത്തുകാരനെ അയച്ചു. സാംസ്‌കാരിക രംഗത്ത് കശ്മീരിന് ഇന്ത്യയുടേയും പേർഷ്യയുടേയും സ്ഥാനം കൈവരുത്തുകയായിരുന്നു സുൽതാന്റെ ഉന്നം. സുൽതാൻ മൂന്ന് തവണ വിവാഹം ചെയ്തു. ജമ്മുവിലെ രാജാവിന്റെ രണ്ട് മക്കളെ ആദ്യം വിവാഹം കഴിച്ചു. പിന്നീട് സയ്യിദ് മുഹമ്മദ് ബൈഹഖിയുടെ മകളെയും. തന്റെ രണ്ടു മക്കൾ തമ്മിലുള്ള (അദ്ഹം ഖാൻ, ഹാജി ഖാൻ) കലഹം കാരണം അവസാനകാലത്ത് ഒരു സമാധാനവും സുൽതാനുണ്ടണ്ടായില്ല. മക്കൾ തനിക്കെതിരെയും കലാപം നടത്തി. ഉപദേശിച്ചിട്ടും ഫലമുണ്ടായില്ല. അവസാനം അദ്ഹം ഖാനെ പുറത്താക്കി ഹാജി ഖാനെ അനന്തരാവകാശിയാക്കി. അറുപത്തൊമ്പതാം വയസ്സിൽ ഒരു വെള്ളിയാഴ്ച അദ്ദേഹം മരണപ്പെടുകയും ചെയ്തു.
ഹാജി ഖാൻ സുൽതാൻ ഹൈദർ ഷാ (1470-72) എന്ന പേരിൽ സുൽതാനായെങ്കിലും അമിത മദ്യ പാനം നിമിത്തം പറ്റേ ദുർബലനായിരുന്നു. മാത്രമല്ല, ലുലി എന്ന ക്ഷുരകന്റെ സ്വാധീനത്തിൽ ഒരുപാട് അതിക്രമങ്ങൾ ചെയ്തുകൂട്ടി. പിന്നീടു ഭരണമേറ്റ പുത്രൻ ഹസൻ ഷാ (1472- 84) കുറേകൂടി ഭേദമായിരുന്നു. അദ്ദേഹം സംഗീതവും നൃത്തവുമായി കഴിഞ്ഞു. തന്റെ രാജസദസ്സിൽ ഇന്ത്യയിൽ നിന്നുള്ള ഇരുന്നൂറ് ഖവാലി സംഗീതജ്ഞർ ഉണ്ടായിരുന്നു. അതിന് പുറമേ കശ്മീരി സംഗീത സമ്രാട്ടുകളും ചെണ്ടമുട്ടുകാരും. കൊട്ടാരമാകെ സംഗീതമയം. കുറേ പള്ളികളും സ്‌കൂളുകളും കൊട്ടാരങ്ങളും പർണശാലകളും അദ്ദേഹം നിർമിച്ചു. സംഗീതജ്ഞനായ ഹസൻ ഷാ സ്വന്തമായി കവിതകൾ രചിച്ചിരുന്നു. പക്ഷേ ഇതിനിടെ കശ്മീർ താഴ്‌വര ഒഴിച്ചുള്ള സ്ഥലങ്ങളെല്ലാം നഷ്ടപ്പെട്ടുകഴിഞ്ഞിരുന്നു. കലഹങ്ങൾ മാത്രം ബാക്കി. പ്രഭുക്കൾ തമ്മിൽതല്ലു തുടങ്ങി. സുൽതാനാണെങ്കിൽ സുഖലോലുപൻ. സുൽതാൻ ശരിയാവില്ലെന്ന് കണ്ടപ്പോൾ പ്രധാന മന്ത്രി സയ്യിദ് മിറാക് ഹസൻ ബൈഹഖി തന്റെ പുത്രിയുടെ ഏഴു വയസ്സായ മകൻ മുഹമ്മദ് ഷായെ സിംഹാസനത്തിലേറ്റി. മിറാകിന്റെ അക്രമ ഭരണം കശ്മീരികൾക്ക് തീരെ രുചിച്ചില്ല. അവർ ഒറ്റക്കെട്ടായി ജമ്മുവിലെ രാജാ പരശുവിന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ ശ്രീ നഗറിലേക്ക് നീങ്ങി. ദർബാർ നടന്നുകൊണ്ടിരിക്കെ അവർ മിറാകിന്റെ കൊട്ടാരത്തിൽ പ്രവേശിച്ച് മിറാകിനെയും മക്കളും ബന്ധുക്കളുമായ പതിനാലു പേരെയും വധിച്ചു. ദർബാറിൽ രക്തം നിറഞ്ഞു. ശരീരങ്ങൾ വെട്ടി നുറുക്കി. സഹായിക്കാൻ വന്ന താതർ ഖാൻ ലോധിയുടെ സൈന്യത്തെയും കശ്മീരികൾ നാമാവശേഷമാക്കി. നാല് കശ്മീരി പ്രധാനികൾ ചേർന്ന് ഭരണം നടത്താൻ കരാറായി. ഹസൻ ഷായെ തന്നെ വീണ്ടും സുൽതാനാക്കി. പക്ഷേ, കരാറൊന്നും നടപ്പായില്ല. നാല് പേരും തല്ലിപ്പിരിഞ്ഞു. നിരന്തരമായ കലഹങ്ങൾക്ക് ശേഷം വീണ്ടും മുഹമ്മദ് ഷാ തന്നെ വന്നു. മുഹമ്മദ് ഷായിൽ വിശ്വാസം നഷ്ടപ്പെട്ട പ്രധാനമന്ത്രി കച്ചി ചാക് അദ്ദേഹത്തെ ജയിലിലടച്ചു. 1528-ൽ ഷായുടെ മകൻ ഇബ്‌റാഹിമിനെ അധികാരത്തിലേറ്റി. കശ്മീരി മാഗ്‌റേ ഗ്രൂപ്പ് നേതാവ് അബ്ദുൽ മാഗ്‌റേ ഇന്ത്യയിൽ നിന്ന് ബാബറിന്റെ സൈന്യത്തിന്റെ സഹായത്തോടെ കച്ചി ചാകിനെ യുദ്ധം ചെയ്തു പരാജയപ്പെടുത്തി നാസൂഖ് ഷാ എന്നയാളെ സുൽതാനാക്കുകയുണ്ടായി. നാസൂഖിനെ ജനങ്ങൾ ഇഷ്ടപ്പെടുന്നില്ലെന്ന് മനസ്സിലാക്കിയപ്പോൾ അദ്ദേഹത്തെ മാറ്റി വീണ്ടും മുഹമ്മദ് ഷായെ തന്നെ സുൽതാനാക്കി. അങ്ങനെ മുഹമ്മദ് ഷാ (1530-37) നാലാം തവണയും സുൽതാനായി. ഈ സമയത്ത് മുഗൾ കമാന്റർ മെഹ്‌റം ബെഗ് കോകയുടെ നേതൃത്വത്തിൽ സൈന്യം വന്ന് കശ്മീരികളെ കൂട്ട ക്കശാപ്പ് ചെയ്യാൻ തുടങ്ങി. ഉടനെ കശ്മീരിലെ വിവിധ ഗ്രൂപ്പുകൾ വൈരം മറന്ന് മുഗളർക്കെതിരെ ഒന്നിക്കുകയും അവരെ പരാജയപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തു. അബ്ദുൽ മാഗ്‌റേ പ്രധാന മന്ത്രിയായി. വീണ്ടും കശ്മീരികളുടെ കോൺഫെഡറേഷൻ രൂപീകരിച്ച് ഭരണം തുടങ്ങി. അപ്പോഴേക്കും മറ്റൊരു മുഗളനായ കാശ്ഗറിലെ സുൽതാൻ സഈദ് ഖാൻ ഓർക്കാപുറത്ത് കശ്മീരിനെ ആക്രമിച്ച് ക്രൂര താണ്ഡവമാടി. ജനങ്ങൾ നാലു പാടും ഓടി. നിരവധി പേരെ ഇവർ വെട്ടിക്കൊന്നു. ഈ യുദ്ധക്കൊതിക്കെതിരെ രംഗത്തിറങ്ങാൻ കശ്മീരികളോട് അവിടത്തെ മുസ്‌ലിം പണ്ഡിതൻമാർ അഭ്യർത്ഥിച്ചു. 1533-ൽ നിരാശയോടെ മിർസാ ഹൈദറിന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള കാശ്ഗർ സൈന്യം തിരിച്ചു പോയി. രണ്ട് കൊല്ലം കഴിഞ്ഞപ്പോഴേക്കും ഭയാനകമായ ക്ഷാമം നേരിട്ടു. കൃഷിയും കച്ചവടവുമൊക്കെ നശിച്ചു. കർഷകർക്ക് വിത്തിറക്കാൻ കഴിയാതിരുന്നതിനാൽ കൃഷി നടന്നില്ല. ഈ കഷ്ടപ്പാടുകൾക്കിടയിലാണ് മുഹമ്മദ് ഷാ മരിച്ചത്. പിന്നീട് മകൻ ഷംസുദ്ദീൻ (1537-40) മൂന്ന് വർഷം ഭരിച്ചു. പിന്നെ വന്നത് ഷംസുദ്ദീന്റെ സഹോദരൻ ഇസ്മായിൽ ഷാ. ഭരണം നടത്തിയത് പ്രധാന മന്ത്രി കച്ചി ചാക് തന്നെ. ഇദ്ദേഹം ജനങ്ങളിൽ ശിയാ വിശ്വാസം അടിച്ചേൽപിക്കാൻ ശ്രമിച്ചതിനാൽ രാജ്യം ഛിന്നഭിന്നമായി. കശ്മീരിൽ നിന്ന് പിൻവാങ്ങിപ്പോയ മിർസാ ഹൈദർ വീണ്ടും യുദ്ധത്തിന് കോപ്പുകൂട്ടി. അദ്ദേഹം ബാബറിന്റേയും കാശ്ഗർ സുൽതാൻ സഈദ് ഖാന്റേയും ബന്ധുവാണ്. പക്ഷേ കശ്മീരിൽ തോറ്റപ്പോൾ അദ്ദേഹത്തിന് കാശ്ഗറിൽ നിന്ന് ഒളിച്ചോടേണ്ടിവന്നു. അങ്ങനെ ഇന്ത്യയിലെത്തി. അവിടെ ഹുമയൂണിന്റെ കീഴിൽ കൊച്ചു സൈന്യാധിപനായി. ഹുമയൂണാവട്ടെ ഷേർഷായോട് തേറ്റ് രാജ്യം നഷ്ടപ്പെട്ട് നിരാശയിൽ കഴിയുകയായിരുന്നു. കശ്മീർ ആക്രമിക്കാനുള്ള സൂത്രം മിർസാ ഹൈദർ പറഞ്ഞുനോക്കിയെങ്കിലും ഹുമയൂൺ തയ്യാറായില്ല. കുറച്ചു പട്ടാളക്കാരെ കൊടുത്തുവെന്ന് മാത്രം. അപ്പോഴേക്കും ഇങ്ങ് കശ്മീരിൽ കച്ചി ചാകിന്റെ നയങ്ങളോട് യോജിക്കാത്ത പ്രഭുക്കൾ വീണ്ടും തർക്കത്തിലായി. അവരിൽ മാഗ്രെ, രവി ചാക് എന്നിവർ മിർസായെ കശ്മീരിലേക്ക് ക്ഷണിച്ചു. മിർസാ വന്നപ്പോൾ സുൽതാൻ ഇസ്മായിലും കച്ചി ചാകും എതിരിട്ടെങ്കിലും പരാജിതരായി. അവർ നാടുവിട്ട് ഡൽഹിയിൽ വന്ന് ഷേർഷാ ചക്രവർത്തിയുടെ സഹായം തേടി. ഷേർഷാ ഒരു സൈന്യത്തെ അയച്ചുകൊടുത്തു. കശ്മീരിലെത്തിയ ഈ സൈനിക സംഘത്തെ വതനാർ എന്ന സ്ഥലത്ത് വച്ച് മിർസാ പരാജയപ്പെടുത്തി. കശ്മീരി പ്രഭുവായ രഗി ചാകിന്റെ അനുയായിയെപ്പോലെയാണ് മിർസാ പ്രവർത്തിച്ചത്. എന്നാൽ രഗിയുടെ ശിയാ വിശ്വാസത്തോട് സുന്നിയായ മിർസാക്ക് തീരെ താൽപര്യമുണ്ടായില്ല. വൈകാതെ രണ്ടുപേരും തമ്മിൽ തെറ്റി. യുദ്ധത്തിൽ പരാജിതനായ രഗി ചാക് പൂഞ്ചിലേക്ക് പോയി. പക്ഷേ ഇന്ത്യയിൽ ഷേർഷാ (1545) മരിച്ചു. 1546-ൽ കച്ചി ചാകും താമസിയാതെ മരണപ്പെട്ടു.
മിർസാ ഹൈദറിന് കശ്മീരികളുടെ പിന്തുണ കുറഞ്ഞുവന്നു. ഇക്കാലത്ത് ഷാ ഇസ്മാഈൽ സഫവി പേർഷ്യയിൽ സുന്നികളെ നിർദയം കൊന്നെടുക്കുന്ന വിവരം ലഭിച്ചപ്പോൾ മിർസാ ദുഃഖിച്ചു. കശ്മീരിലെ ശിയാക്കളായ നൂർബക്ഷികളെ അദ്ദേഹവും ആക്രമിച്ചു. സൈദ് ബാലിലുള്ള ഷംസി ഇറാഖിയുടെ ശവകുടീരം നശിപ്പിച്ചു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ മകനും കശ്മീരികളുടെ ആദരണീയ പുരുഷനുമായിരുന്ന ദാനിയേലിനെ കൊന്നു. അധികാരം മുഗളൻമാരിൽ നിക്ഷിപ്തമാക്കി. അതോടെ കശ്മീരി പ്രഭുക്കൾ മീർസായുടെ ശത്രുക്കളായി. 1550-ൽ മാൻകോട്ടിൽ മിർസക്ക് എതിരെ കശ്മീരി പ്രഭുക്കളും ജനങ്ങളും ചേർന്ന് കലാപം തുടങ്ങി. ഈദി റയ്‌നായുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള കശ്മീരി സൈന്യം മിർസായെ പരാജയപ്പെടുത്തി. മിർസാ കോകാറിലേക്ക് രക്ഷപ്പെട്ടു. അനുരജ്ഞന ശ്രമങ്ങൾക്ക് വന്ന മധ്യസ്ഥരോട് ഈദി ക്രൂരമായി പെരുമാറി. അവരുടെ കൈകൾ വെട്ടി മാറ്റി. പക്‌ലി, ബാൽട്ടിസ്ഥാൻ, ലഡാക് എന്നിവിടങ്ങളിലും കലാപം രൂക്ഷമായി. തന്റെ കുടുംബത്തെ ഇന്ദർ കോട്ടിൽ നിറുത്തിയ ശേഷം ഒരു സൈന്യവുമായി മിർസാ കശ്മീരികളെ നേരിട്ടു. പക്ഷേ, മിർസാ പിടിക്കപ്പെട്ടു. രാത്രിയിൽ ഒരു അസ്ത്രം തറച്ച് അദ്ദേഹം മരണപ്പെട്ടു. കശ്മീരികൾ അദ്ദേഹത്തോട് അനാദരവൊന്നും കാട്ടിയില്ല. അദ്ദേഹത്തെ സൈനുൽ ആബിദീൻ സുൽതാന്റെ ശവകുടീരത്തിനടുത്ത് ഖബറടക്കി. കുടുംബത്തെ സുരക്ഷയോടെ കാശ്ഗറിലേക്കയച്ചു. മിർസായുടെ മരണത്തെ തുടർന്ന് നാസൂക് ഷാ സുൽതാനാവുകയും ഈദി റയ്ഹാൻ മന്ത്രിയാവുകയുമുണ്ടായി. അപ്പോഴാണ് ഹൈബത് ഖാൻ നിയാസി കശ്മീർ ആക്രമിച്ചത്. കശ്മീരികൾ അദ്ദേഹത്തെ കൊന്ന് തല ഷേർഷായുടെ പിൻഗാമിയായ ഇസ്‌ലാം ഷാക്ക് അയച്ചുകൊടുത്തു. ഇസ്‌ലാം ഷായും അഫ്ഗാനിയായിരുന്നു. 1551-54 കാലയളവിൽ കശ്മീരി പ്രഭു മാലിക് ദൗലത് ഖാൻ പ്രധാന മന്ത്രിയായി. നഷ്ടപ്പെട്ട ശിയാ പ്രതാപം അദ്ദേഹം വീണ്ടെടുക്കാൻ ശ്രമിച്ചു. മിർസാ നശിപ്പിച്ച ഇറാഖിയുടെ ശവകുടീരം കേടുപാടുകൾ തീർത്തു. മിർസാ കൊന്ന ഇറാഖിയുടെ മകൻ ദാനിയേലിന് മറ്റൊരു ശവകുടീരം നിർമിച്ചു. സയ്യിദ് ഹമദാനിയുടെയും ഷംസ് ഇറാഖിയുടേയും സൂഫീ മാർഗങ്ങൾ പ്രചരിപ്പിച്ചു. ദൗലത് ഖാന് ശേഷം പ്രധാന മന്ത്രി പദത്തിലേറിയ മാലിക് ഗാസി സുൽതാനും പ്രധാന മന്ത്രിയുമായി. കുഷ്ഠ രോഗം മൂലം അന്ധത ബാധിച്ചതിനാൽ 1563-ൽ സഹോദരൻ ഹുസൈൻ ഷായെ അനന്തരവാകാശിയാക്കി. ഹുസൈൻ ഷിയാ വിശ്വസിയും പ്രധാന മന്ത്രി ഹബീബ് സുന്നിയുമായത് കൊണ്ട് അവർ തമ്മിൽ തർക്കങ്ങൾ ഉടലെടുത്തു. ഇത് നാട്ടിൽ തന്നെ സുന്നി-ഷിയാ കലഹങ്ങൾക്ക് മരുന്നിട്ടു. അതിനിടയിൽ ഹുസൈൻ ഷാ രോഗിയായി. അദ്ദേഹം അനന്തരാവകാശം സഹോദരൻ അലി ഷാക്ക് (സഹീറുദ്ദീൻ മുഹമ്മദ് അലി ബാദുഷാ 1570-78) നൽകി. അദ്ദേഹം പോളോ കളിച്ചു കൊണ്ടിരിക്കെ കുതിരപ്പുത്ത് നിന്ന് വീണ് മരിച്ചു. തുടർന്ന് പുത്രൻ യൂസുഫ്, നാസിറുദ്ദീൻ മുഹമ്മദ് യൂസുഫ് ബാദുഷാ ഗാസി (1578-86) എന്ന പേരിൽ സുൽതാനായി. യൂസുഫ് ഷാ പ്രകൃതി സ്‌നേഹിയായിരുന്നു. കശ്മീരിന്റെ സൗന്ദര്യത്തെ അദ്ദേഹം വാനോളം വാഴ്ത്തി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ സുന്ദരിയായ ഭാര്യ ഹബ്ബാ ഖാത്തൂനും പ്രകൃതി സ്‌നേഹി തന്നെ. ഗൂൻ എന്നാണ് ഹബ്ബയുടെ പേര്. അവർ വളർന്നത് ഒരു സാധാരണ കർഷക കുടുംബത്തിൽ. ചെറുപ്പത്തിലേ ഖുർആൻ ഹൃദിസ്ഥമാക്കി. നന്നായി പാടുകയും ചെയ്യും. പരമ്പരാഗതമായി ചെറുപ്രായത്തിലേ വിവാഹം നടന്നു. വിവരമില്ലാത്ത ഒരുത്തനായിരുന്നു ഭർത്താവ്. അവർക്ക് അയാളെ തീരെ ഇഷ്ടമായിരുന്നില്ല. താമസിയാതെ വിവാഹ മോചനം നടന്നു. കുറേ കാലത്തേക്ക് ഹബ്ബ വേറെ വിവാഹമൊന്നും കഴിച്ചില്ല. കുടുംബത്തിന്റെ ആടുമാടുകളെ മേച്ചു കാലംകഴിച്ചു. അതിനിടക്ക് കശ്മീരി ഭാഷയിൽ കുറേ ഗാനങ്ങളെഴുതി. അധികവും സ്വന്തം ജീവിതത്തിന്റെ മണമുള്ള ശോക ഗാനങ്ങൾ. ആടുകളെ മേയ്ക്കുമ്പോൾ അവർ ഭംഗിയായി ഈ പാട്ടുകൾ പാടുമായിരുന്നു. ഒരിക്കൽ യൂസുഫ് ബാദുഷാ അത് വഴി പോവുമ്പോൾ പാട്ട് കേൾക്കാനിടയായി. അങ്ങനെ ഹബ്ബയുമായി അടുത്തു. കല്യാണവും ചെയ്തു. അവരുടെ ശീലുകൾ ഇന്നും കശ്മീരികൾക്ക് ഹരമാണ്. കശ്മീരി സ്ത്രീത്വത്തിന്റെ പ്രതീകമാണവർ. യൂസുഫുമായുള്ള ഹബ്ബയുടെ ജീവിതം ഏറെ സന്തോഷകരമായിരുന്നു. പിന്നീട് സുൽതാനെ അക്ബർ ചക്രവർത്തി ജയിലിലടച്ചപ്പോൾ ഹബ്ബ ഒരു ഫഖീറിനെപ്പോലെ പാട്ടും പാടി കശ്മീരിൽ അലഞ്ഞുനടന്നു. ശോക ഗാനങ്ങൾ പാടി അവർ കശ്മീരികളുടെ മനസ്സ് മൃദുലമാക്കി. അക്ബർ ചക്രവർത്തി ഡൽഹിയിൽ സിംഹാസനത്തിലേറിയപ്പോൾ കശ്മീരിലെ സ്വതന്ത്ര ഭരണത്തിന് ഭീഷണി തുടങ്ങി.
കശ്മീരികളാണെങ്കിൽ പരസ്പരം കലഹിക്കുകയായിരുന്നു. ചില പ്രഭുക്കൻമാർ ചേർന്ന് സയ്യിദ് മുബാറക് എന്നയാളെ സിംഹാസനത്തിലിരുത്തിയപ്പോൾ യൂസുഫ് ബാദുഷക്ക് സ്ഥലം വിടേണ്ടിവന്നു. 1580 ജൂണിൽ യൂസുഫ് ഷാ അക്ബർ ചക്രവർത്തിയുടെ മുമ്പിൽ ചെന്ന് സഹായം തേടി. എന്നാൽ മുഗളരുടെ സഹായം വേണ്ടെന്ന് പിന്നീടദ്ദേഹം തീരുമാനിക്കുകയും കശ്മീരികളെ തന്നെ സംഘടിപ്പിച്ച് സിംഹാസനം തിരിച്ചുപിടിക്കുകയും ചെയ്തു. 1581-ൽ കാബൂളിൽ നിന്ന് മടങ്ങുംവഴി അക്ബർ സേനാധിപൻമാരെ യൂസുഫിന്റെ കൊട്ടരത്തിലേക്കയച്ചു. യൂസുഫ് അവരെ മംഗള പൂർവം സ്വീകരിച്ചു. തന്റെ ഇളയ പുത്രനെ അക്ബറുടെ കൊട്ടാരത്തിലേക്കയച്ചു. എന്നാൽ ഈ നടപടി ചക്രവർത്തിക്കിഷ്ടപ്പെട്ടില്ല. യൂസുഫിനെ കൊട്ടാരത്തിലേക്ക് കൊണ്ടുവരാൻ ദൂതൻമാരെ അയച്ചു. പക്ഷേ കശ്മീരികൾ യൂസുഫിനെ പോകാനനുവദിച്ചില്ല. ചക്രവർത്തിയുടെ ആളുകൾ മടങ്ങി. അക്ബർ രാജാ ഭഗവാൻ ദാസിന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ ഒരു സൈന്യത്തെ അയച്ചു. യൂസുഫ് സന്ധിക്കപേക്ഷിച്ചു. അത് പ്രകാരം താൻ ചക്രവർത്തിയുടെ തിരുമുമ്പിലേക്ക് വരാമെന്നും തനിക്ക് രാജ്യം മടക്കിത്തരണമെന്നും അഭ്യർത്ഥിച്ചു. ഭഗവാൻദാസ് സമ്മതിച്ചെങ്കിലും യൂസുഫിനെ അറസ്റ്റ് ചെയ്യാനാണ് അക്ബർ തീരുമാനിച്ചത്. വാക്കു പാലിക്കാനാവാത്തതിൽ ഭഗവാൻ ദാസ് ആത്മഹത്യക്കൊരുങ്ങി. രണ്ടര വർഷത്തോളം ജയിലിൽ കഴിഞ്ഞ ശേഷം യൂസുഫിനെ രാജാ മാൻസിങ്ങിന്റെ കീഴിൽ ബീഹാറിൽ ഒരു മൻസബ് ദർ പദവി നൽകി. 1592-ൽ മരിക്കുകയും ചെയ്തു. യൂസുഫ് ഡൽഹിയിലേക്ക് പോയപ്പോൾ യൂസുഫിന്റെ പുത്രൻ നാസിറുദ്ദീൻ മുഹമ്മദ് യാഖൂബ് ഷായെ (1586-88) പ്രഭുക്കൾ സിംഹാസനത്തിലേറ്റി. ഷിയാ പക്ഷപാതിയായ അദ്ദേഹം സുന്നീ ആത്മീയ നേതാവ് ഖാസി മൂസായെ വധിച്ചത് സുന്നി പ്രഭുക്കളെ ചൊടിപ്പിച്ചു. അവർ അക്ബറെ ചെന്നുകണ്ട് കശ്മീർ പിടിച്ചടക്കാൻ അഭ്യർത്ഥിച്ചു. അക്ബർ മീർ ഖാസിമിനെ 1586-ൽ സൈന്യ സമേതം കശ്മീരിലയച്ചു. മീർ ഖാസിമിന്റെ ദൗത്യം പരാജയപ്പെട്ടപ്പോൾ യാഖൂബ് റിസ്‌വി എന്നയാളെ അയച്ചു. അദ്ദേഹം പ്രഭുക്കളെ വശത്താക്കി. 1588-ൽ അക്ബർ കശ്മീരിൽ വന്നപ്പോൾ സുൽതാനെ ജയിലിലടച്ചു. കശ്മീർ പൂർണമായും മുഗൾ ചക്രവർത്തിയുടെ കീഴിലായി.
